Los dos últimos descenderán a la 3. Liga y el antepenúltimo clasificado disputará su permanencia con el tercer clasificado de la 3. Liga. En 1938, España estaba inmersa en la guerra civil, la liga se había suspendido y el Athletic, que había perdido a la mayoría de sus jugadores, buscaba una fórmula para poder participar en el campeonato regional con un equipo aceptable. Tras la decepción de la selección alemana en el Mundial de Fútbol de 1938, se volvió a reabrir el debate sobre la Reichsliga. Tarjeta amarilla para Fink por un recado feo sobre Kostis cuando ya el jugador del Atlético había dado el pase. Mirror destacó los goles de Mané y Henderson y alertó sobre las carencias de Albiol y a Estupiñán.
Sin contar con las constantes polémicas que le persiguen fuera del terreno de juego. Por eso los grandes tienen que poner su valor y su precio al servicio del fútbol y no de dos caciques que quieren mantenerse en el poder por nada más que su arrogancia y su vanidad. Ahora, el fútbol se suma a esta lista de canales serios con la que será la primera retransmisión en directo de un partido de fútbol. Además, el club realiza ocasionalmente actos de apoyo al fútbol base vizcaíno; por ejemplo, disputó un partido amistoso frente al Celtic F. C. con el objeto de reunir beneficios para donarlos a los clubes de fútbol vizcaínos, que tuvieran contrato de conveniencia con el propio club.
El 2 de septiembre de 1945 se celebra el partido de ida en Tetuán, ganando este por 3-0. La vuelta se celebra el 9 de septiembre en Mirandilla, igualándose la eliminatoria al vencer el Cádiz por 4-1. Este resultado hace necesario un desempate que se celebra el 11 de septiembre en el Campo de Nervión de Sevilla. El Bayern se impuso hoy con un contundente 4-1 en el clásico alemán ante el Borussia Dortmund , su último compromiso antes de su duelo del próximo miércoles en la Liga de Campeones ante el Real Madrid. También cambia el director de Fútbol Formativo del Granada CF, siendo nombrado Luis Fradua, exdirector de cantera del Real Betis Balompié, en sustitución de Rufo Collado.
Un año más tarde regresaría a tercera, categoría que siete temporadas más tarde se convertiría en la Segunda División B. En esta categoría, el Bilbao Athletic, forma jugadores para su incorporación al primer equipo, pero también se convierte en cantera de entrenadores, como Javier Clemente, Ernesto Valverde o Jose Luis Mendilibar. En 2007, por ejemplo, hubo polémica con el fichaje del riojano David López, si bien desde el club se afirmó que entraba dentro de la filosofía por haberse formado en la cantera de un club de «Euskal Herria», en este caso Osasuna. Han cambiado los hechos, aunque no las aspiraciones de algunos aficionados del Athletic, como es el caso del candidato Barkala, favorito al estar apoyado por el PNV.
El club bávaro mantiene la posibilidad de que el polaco continúe en las filas alemanas. El 4 de julio de 2016 se conoció la elevada sanción al club de 20,4 millones de euros por parte de la Comisión Europea al beneficiarse de unas condiciones ventajosas en la ampliación de capital de 2009 recibiendo un dinero de Bancaja avalado por el Instituto Valenciano de Finanzas.
El segundo lustro de los años noventa, estuvo marcado por la llegada de un entrenador que devolvió al Athletic parte del esplendor que albergó antaño. Tras la Guerra civil española, en 1940, recaló en el banquillo del Athletic el vizcaíno Juan Urkizu, quien tenía la difícil tarea de reconstruir un equipo que años atrás se disolvió a causa de la guerra.
Por esta razón, ninguna junta se ha planteado cambiarla sin el beneplácito de la masa social, ya que la práctica totalidad de los socios defienden esta causa. Únicamente los socios de la entidad, son los que mantienen en vigor esta idea, valiéndose de su derecho a elegir democráticamente a la junta directiva encargada de dirigir al club. El Athletic cuenta con una masa social de 44 560 socios y 454 peñas oficiales.